Sur la route : 

Il existe une bonne route bitumée de  Bamako à Gao et de Mopti à Bandiagara. Les chaussées sont étroites et très fréquentées (piétons, traversée de bétail, charrettes, camions…). Il faut éviter de rouler la nuit car beaucoup de véhicules circulent sans signalisation lumineuse.

- Location de voiture : Il est possible de louer une voiture, mais nous conseillons plutôt de louer un 4x4 avec un chauffeur.
- Bus : il existe de nombreux bus. C’est un bon moyen de déplacement pour les longues distances mais mieux vaut ne pas avoir un timing trop serré et ne pas souhaiter confort ou climatisation.
- Taxi-brousse : Traditionnels et sans aucune sécurité, ils partent quand ils sont remplis. 
- Chameau : Dans le désert, hormis les 4x4, les chameaux restent le meilleur moyen pour se déplacer aisément.
- Mobylettes : très utilisées, en particulier depuis que les mobylettes chinoises ont envahi le marché.  

Sur l’eau : 

- Bateaux et pinasses : Sur le fleuve Niger, il existe de nombreux moyens de se déplacer : les bateaux de passagers, les pinasses et les petites pirogues. Ce transport est cependant saisonnier (août à février) puisqu’il dépend du niveau du fleuve.

 Sur des rails :

- Train : Le seul train du Mali relie Bamako à Kayes. Des retards importants sont parfois à prévoir.

 Dans les airs :

- Avion : l'avion relie Bamako à de nombreuses destinations. Il existe une compagnie privée qui effectue des vols intérieurs : Bamako-Mopti, Bamako-Tombouctou, Mopti-Tombouctou...